Problembeschreibung:

das CSS einer ASPX-Seite wird fehlerfrei geladen und angezeigt.
Wir nun aber ein "Response.Write<script>alert ..." zurückgegeben dann wird dass CSS nicht mehr korrekt verarbeitet.

Lösung in aspx:

Das Script wird ausgegeben bevor die Seite korrekt aufgebaut ist.
Dies führt dazu dass der Brownser das CSS unter Umständen nicht mehr korrekt verarbeitet.
Eine mögliche Lösung ist der Einsatz von "RegisterStartupScript".

Beispiel:
string str = "<script>alert('Hallo!');</script>";
Page.ClientScript.RegisterStartupScript(this.GetType(), "print_script", str);